Christopher Wheeldon er født i 1973 og opvokset i Yeovil i Somerset, England. Som 11-årig blev han elev ved Royal Ballet School i London, og i 1991 blev han optaget som korpsdanser i Royal Ballet. I 1993 så Wheeldon en tv-reklame, der lovede en gratis flybillet til New York, hvis man købte en støvsuger. Han ønskede sig brændende at komme til at danse i George Balanchines kompagni og erhvervede sig derfor straks en ny støvsuger, tog til New York og fik lov til at tage klasser hos New York City Ballet. Han blev tilbudt ansættelse som korpsdanser i kompagniet, og i 1998 blev han forfremmet til solist.

Wheeldon debuterede som koreograf i 1997 med balletten Slavonic Dances, som han skabte til New York City Ballets Diamond Project. I juli 2001 blev Christopher Wheeldon som den første nogensinde udnævnt til huskoreograf ved New York City Ballet – en stilling, der blev oprettet til ham, og som han bestred helt frem til februar 2008. I denne periode skabte han adskillige balletter til kompagniet, blandt andet Morphoses i 2002, Shambards i 2004, After the Rain i 2005 og Evenfall i 2006.

I 2006 dannede Wheeldon sammen med tidligere solodanser ved New York City Ballet, Lourdes Lopez, sit eget kompagni, Morphoses, der som ypperste mål vil bringe nyt liv til moderne og klassisk ballet ved at sammensmelte dans, musik, billedkunst og design.

Christopher Wheeldon anses i dag for at være blandt tidens førende og mest nyskabende koreografer, og han er for længst blevet kaldt en naturlig og værdig arvtager til George Balanchine og Jerome Robbins.