Michael Schønwandt har siden sin dirigentdebut på Gamle Scene som 25 årig i 1979 (Maskeballet af Verdi) været knyttet til Det Kongelige Teater, først som kapelmester, siden kgl. kapelmester og fra 2000-2011 musikchef og chefdirigent for Det Kongelige Kapel. Han har ledet mange hundrede opførelser af operaer og balletter, deriblandt en meget lang række nyopsætninger og uropførelser. Han dirigerede åbningen af Operaen i 2005 og ikke mindst opsætningen af Wagners Nibelungens Ring og Richard Strauss´ Elektra og Die Frau ohne Schatten.
Sideløbende med sin tilknytning til Det Kongelige Teater har Michael Schønwandt en stor international karriere, både indenfor opera og koncert. Han har dirigeret mange forestillinger på Wiener Staatsoper, Covent Garden i London, Bayreuth Festspillene, operahusene i Paris, Bruxelles, Stuttgart, Berlin og Hamborg. Han har været chefdirigent i Berlin (Berliner Sinfonie Orchester), kunstnerisk leder af Den Hollandske Radios Kammerfilharmoni i Amsterdam, og er fra 2015 chefdirigent for Operaen og Nationalorkestret i Montpellier.
Michael Schønwandt medvirker på en meget lang række cd- og dvd-indspilninger, blandt andet alle Carl Nielsens symfonier på cd samt dvd-indspilningen af Wagners Nibelungens Ring, der i 2009 vandt en af verdens mest prestigefyldte priser, The Gramophone Award, i kategorien ”DVD of the Year”.
Michael Schønwandt er en af de mest efterspurgte fortolkere af Carl Nielsens musik. I 2011 blev han tildelt Kommandørkorset af Dannebrogordenen.